1. 1.  Órgão Executivo de Gestão
    1. Presidente
  2. 2.  Órgãos Auxiliares do Órgão Executivo de Gestão
    1. Director Geral Adjunto para a Área Académica
    2. Directora Geral Adjunta para a Área Científica
    3. Secretário Geral
  3. 3.  Órgãos Colegiais do Instituto
    1. Assembleia
    2. Conselho de Direcção
    3. Conselho Científico
    4. Conselho Pedagógico
  4. 4.  Serviços de Apoio Técnico e Instrumental## Gabinete do Director Geral
    1. Gabinetes dos Directores Gerais Adjuntos
    2. Gabinete do Secretário Geral
    3. Gabinete Jurídico
    4. Departamento de Cooperação e Intercâmbio Internacional
    5. Departamento de Estudos, Planeamento e Estatística
    6. Departamento de Informação Científica e Documentação
  5. 5.  Serviços Executivos
    1. Departamento dos Assuntos Académicos
    2. Departamentos de Ensino e Investigação
    3. Departamento de Administração e Gestão do Orçamento
    4. Departamento de Recursos Humanos
    5. Departamento de Investigação Científica e Pós-Graduação
    6. Departamento de Apoio Social, Cultural e Desportivo
  6. 6.  Serviços de Apoio
    1. Biblioteca Central e Bibliotecas dos Departamentos
    2. Reprografia
    3. Laboratório de Informática e Novas Tecnologias
    4. Laboratório Multimédia